Die Stiftung einer gewissen Bertha führte um 1110 zur Gründung der Kriche St. Johann. Reste einer halbrunden romanischen Apsis, die 1959/60 ausgegraben wurden, bestätigen das Alter der Kirche. Diese dürfte im Mittelalter Pfarrrechte gehabt haben, denn für die Zeit um 1220 ist uns der Pfarrer (plebanus) "Bernardus de sancto Johanne" bekannt. Unter ungeklärten Umständen kam St. Johann später unter das Patronat des Stiftes Seitenstetten. Ab 1367 werden wiederholt Johannser Höfe als "in der Wolfspecker Pfarr gelegen" genannt. St. Johann war zu einer Filiale von Wolfsbach geworden. Trotzdem wurde zu dieser Zeit der heutige spätgotische Kirchenbau errichtet.
Nach der Überwindung der Reformation entstand 1647 in St. Johann ein ständiges Vikariat, das ein Stiftsgeistlicher von Seitenstetten betreute. Mit diesem Jahr beginnen auch die Matriken. Schließlich wurde St. Johann 1808 kirchenrechtlich zu einer selbstständigen Pfarre erhoben und bekam einen ortsfesten Pfarrer, der in den 1805 erbauten Pfarrhof einziehen konnte. Von 1852-1971 war St. Johann auch eine eigenständige Gemeinde
1960 wurde das Kircheninnere renoviert und modernisiert. Lydia Ropolt schuf das expressionistisch-naive Hochaltarbild, das in der Folge massiv abgelehnt und jahrzehntelang durch einen Vorhang verdeckt wurde. Seit 2024 gehört St. Johann dem Pfarrverband Seitenstetten an. 2016 erfuhr das Kircheninnere die letzte umfassende Restaurierung.
Der Kirchenbau
Das Äußere: Die Pfarrkriche ist ein kleiner spätgotischer Langhausbau mit eingezogenem 5/8-Chor, Strebepfeilern und einem gedrungenen Westturm. Der Turm, den seit 1841 ein Haubendach mit kleinem Laternentürmchen bekrönt, erreicht eine Höhe von 23,83 m. Bei der letzten Außenrenovierung wurde 1996 die originale spätgotische Färbung wieder hergestellt und am Altarchor ein Sitzbogenfries mit stilisierten Lilien und Zweigen freigelegt. Vor dem versträbten spätgotischen Nordportal befindet sich ein kleiner Vorbau, der mit 1779 datiert ist. Aus diese Zeit dürfte auch die im Norden angebaute Sakristei stammen. Der Turm wurde 2024 restauriert.
Der Innenraum: Das fast quadratische Langhaus ist zweischiffig und enthält ein schönes Netzrippengewölbe, das auf zwei Achteckpfeilern ruht. Der hintere Pfeiler ist in die spätbarocke, kreuzgratgewölbe Westempore eingebaut. Ein spitzer Triumphbogen öffnet sich zum zweijochigen Chor mit 5/8-Schluss, der ebenfalls netzrippengewölbt ist. Der Kirchenraum ist innen 20m lang, 5,5 bis 9,3 m breit und 6,5 bis 7 m hoch.
Rundgang durch die Kirche
Den hellen und freundlichen Innenraum dominiert das Wandgemälde von Lydia Roppolt. Die Künstlerin schrieb über ihr Bild:
,,In den spätgotischen Altarraum ist das Fresko wunderbar hineingefügt. Der gütige Blick und die hilflose Haltung des an das Kreuz gehefteten Christus bewegen uns tief. Das Haupt ist groß, mit in die tiefe gehendem Blick, allumfassend und sehr gütig. Gewaltig! Und doch ist er in großer Zartheit dargestellt. Mit den ausgebreiteten Armen will er die Menschen an sich ziehen. Ein tief inniges Bild. Maria, die Liebende, weinend und trauernd, dass Jesus das angetan wurde, fängt das Blut Christi, die Ströme des Lebens auf. Sie ist sehr innig auf dem Bild. Ganz feierlich, aber auch tief trauernd zeigt Johannes der Täufer mit dem Finger auf Jesus: Er ist es, der uns erlöst. Das Gemälde ist schicht und einfach ein Erlösungsbild. Denn schon kündet ein Blumenzweig oberhalb des Hauptes Christi die nahende Auferstehung, das ewige Ostern."
Rechts der Kreuzigung fällt ein Ölbild mit der seltenen Darstellung der Madonna im Ährenkleid (16./17. Jh.) auf. Dieses Bild befand sich urspünglich in der Stiftskirche Seitenstetten, kam später in die dortige Spitalskapelle und 1960 nach St. Johann.
Altar, Ambo, Tabernakelstele und Fußteil des Taufbeckens bestehen aus St. Margarethener Sandstein. Der Volksaltar wurde 1973 aus dem Block des ehemaligen Hochaltars von 1960 geschaffen, für den Ambo setzte 2016 die Firma Wimmer in Haidershofen einen Entwurf von P. Martin Mayrhofer um.
Links vom Triumphbogen eine barocke Darstellung der Schmerzensmutter unter dem Kreuz aus der 1. Hälfte des 18 Jh. und rechts des ehemalige Hochaltarbild "Taufe Christi" (1792) von Kremser (Johann Martin) Schmidt. Beide Kunstwerke wurden für diese Kirche geschaffen. Der in der 1. Hälfte des 19. Jh. entstandene Kreuzweg ist nachbarock und wurde in den 1970er-Jahren aus dem Kunsthandel für diese Kirche erworben.
Bei der Orgel handelt es sich um eine zweimanualige mechanische Schleifladenorgel, gebaut um 1960 von der Firma Rieger in Schwarzach, Vorarlberg, für das Mozarteum in Salzburg. 2016 adaptierte Orgelbauer Pieringer in Haag dieses Werk für die Kirche von St. Johann.
Um die Kirche
Beim Friedhofeingang zeigt das Kriegerdenkmal als 1962 von Kunibert Zinner geschaffener Reliefpfeiler Christus mit einem sterbenden Soldaten.
Die 1997 erbaute turmartige Aufbahrungshalle enthält in ihrem Inneren das überlebensgroße Kruzifix, welches vor dem Vorhand stand, der in der Kirche das Altarfresko verdeckte. Es wurde um 1962 aus dem Kunsthandel erworben und stammt aus der 1. Hälfte des 16. Jh.
